En Naruto: Ultimate Ninja 2 PS2, podremos jugar a través de distintos eventos de la historia de Naruto, a la vez que vamos ganando puntos para incrementar la fuerza, agilidad y habilidades especiales de nuestro personaje. Seguiremos el camino de Naruto en un modo totalmente nuevo, el Ultimate Road (Camino Definitivo).
Naruto: Ultimate Ninja 2 PS2 contiene más de 60 misiones y 7 mini juegos. Podremos escoger entre 30 personajes de la serie y luchar en los distintos modos de juego. Además de los mencionados, hay un modo práctica y un modo versus.